从1993年11月厦门商谈开始，台方不再务实地回避“司法管辖权”等政治敏感问题，而是援用国际条约的构架来处理属于一国内部的事务，从根本上违背了“海峡两岸均坚持一个中国之原则”的共识。

台湾当局一再拒绝中共中央呼吁的海峡两岸进行和平统一谈判的建议，却在事务性商谈中企图要祖国大陆承认体现台湾“主权存在”与“独立、对等司法管辖权”的政治诉求，其根本目的就是为了否定台湾是中国领土不可分割的一部分，就是为了割裂中国的主权和领土完整，就是为了制造“两个中国”和“一中一台”。

与此同时，台湾当局还苦心玩弄“连环套”策略，阻挠两会商谈与两岸交流的发展。每当两会负责人的商谈取得进展和突破，台湾当局总要跳出来推翻两会达成的共识，以政治问题干扰事务性问题的解决。

海协会与祖国大陆有关方面对台湾当局的企图与做法进行了针锋相对的斗争。在坚持一个中国原则的基础上，海协会提出两会事务性商谈应回避政治敏感问题，不把一方的政治诉求通过事务性协议强加给对方。

海协会负责人在商谈中一再批驳了台方“分裂分治”的观点，指出“坚持一个中国原则，实现国家完全统一是海峡两岸义不容辞的历史责任。目前两岸虽处于暂时的分离状态，但我们不应当把这种暂时的分离状态，通过事务性协议来加以法律化、固定化，来在政治意义上体现所谓‘分裂分治’”。

围绕两会商谈是民间性、经济性、事务性、功能性的定位，针对台湾当局对台湾同胞的舆论欺骗，海协会还反复阐明，两会事务性商谈不适合讨论“司法管辖权”等政治敏感问题，海协会反对借事务性商谈将一方的政治诉求强加给对方，干扰两岸具体事务性问题的解决。虽然台湾当局千方百计利用政治敏感问题为两会事务性商谈制造障碍，但海协会从发展两岸关系、维护两岸同胞权益的大局出发，在不失原则的情况下，为能够达成协议做出了最大努力，付出了最大的诚意。

海协会负责人并一再表明，两岸政治分歧应通过政治谈判予以解决，如果台湾方面明确公开授权海基会在两会商谈中讨论解决“司法管辖权”等政治问题，海协会愿转告有关部门，在一个中国原则的前提下，授权进行专题商谈，并将提出自己关心的政治问题。海协会在商谈过程中所进行的斗争和努力，坚定地维护了一个中国的原则，推动两会事务性商谈在艰难曲折中取得了某些进展。但是，由于台湾当局的阻挠，尽管两会负责人对3项事务性协议的内容都取得了具体的文字共识，有的还达成了一致的协议文本，但终于未能签署协议。

台湾当局没有解决事务性问题及通过商谈发展两岸交流交往的诚意，这是两会商谈屡遭延滞的根本原因。